Панчен-лама, который принял китайское верховенство над областью, возглавил духовное правление в Тибете. Китайцами были проведены репрессивные меры по отношению к тибетцам, что вызвало обвинения в геноциде от имени Далай-ламы и международных организаций. Владельцы земли были схвачены, монастыри фактически распущены, и тысячи монахов были вынуждены искать работу.

Панчен-лама был свергнут в 1964 году и заменен светским Тибетским лидером. В 1962 году, Китай предпринял ряд наступлений вдоль индийско-тибетской границы, чтобы объединить территории, на которые он предъявлял претензии, и которые, по мнению официального Пекина, были несправедливо отданы Индии Британской Комиссией МакМахона в 1914 году. После перемирия китайские войска отошли назад за разделительную линию спорных территорий на востоке, но продолжили занимать часть Ладаха в Кашмире. Некоторые пограничные области являются все еще спорными.

В 1965 году была формально основана Тибетская Автономная Область. Культурная Революция с ее антирелигиозной ориентацией, была крайне пагубной для религиозного Тибета. Религии были запрещены, и более чем 4 000 монастырей были разрушены. Хотя запрет был снят в 1976 году, и начиная с 1980-ых годов, некоторые буддистские храмы снова были открыты, жители Тибета продолжают жаловаться на широко распространенную дискриминацию со стороны китайцев.

Несколько протестов против действий китайской администрации в Тибете в конце 1980-ых годов и в начале 1990-ых годов были яростно подавлены центральным коммунистическим правительством, в 1989 году в Тибете было введено военное положение. Демонстрации против китайского правления, однако, продолжились. Кроме того, в последние годы другие страны все чаще поднимают проблему нарушений в области прав человека в Тибете, и оказывают давление на китайское правительство, чтобы смягчить их позицию в этом вопросе.

Религиозное напряжение снова появилось после того, как в 1995 году Китай отклонил кандидатуру мальчика, который был признан Далай-ламой как новый Панчен-лама и когда он назвал своего приемника в 2000 году (14-летний Лама Кармапа сбежал из Тибета в Индию). Новые протесты и бунты тибетцев начались в 2008 году.